Historia Fortu III Pomiechówek sięga czasów Aleksandra III. Budowę umocnień na wzgórzu nad rzeką Wkrą rozpoczęły władze carskie w 1883 r. Fort III razem z Fortem I Zakroczym i Fortem II Kosewo stanowił element składowy Twierdzy Modlin.
W czasie I wojny światowej fortyfikacja został zdobyta przez wojska pruskie. Natomiast w okresie dwudziestolecia międzywojennego pełnił funkcję składu amunicji.
W początkowym okresie II wojny światowej Fort III stanowił obóz przesiedleńczy dla ludności polskiej i żydowskiej wysiedlonej z terenów Mazowsza Północnego. Od marca 1941 r. trafiali tu rolnicy z okolic Płońska i Sochocina (ok. 2000 ludzi), a także duchowieństwo z kościoła mariawickiego z Felicjanowa. Od lipca 1941 r. w Forcie zaczęto osadzać Żydów. Działania te miały na celu odciążenie przeludnionych gett północnego Mazowsza. W Forcie umieszczano głównie ludność wyznania mojżeszowego z Nowego Dworu Mazowieckiego, Płońska, Mławy, Ciechanowa, Bodzanowa, Sierpca, Bieżunia, Zakroczymia i Raciąża. Po około 6 tygodniach ocalałych Żydów wysiedlono do Generalnego Gubernatorstwa. Wspomnienia osób, które przebywały w tym czasie w Pomiechówku są przechowywane w Żydowskim Instytucie Historycznym w tzw. Archiwum Ringelbluma.
Od 1941 r. Fort III pełnił rolę ciężkiego więzienia policyjnego niemieckiej tajnej policji państwowej w Ciechanowie/Płocku. Zajmował 10 podziemnych cel na terenie ogrodzonym drutem kolczastym. Osadzano w nim więźniów politycznych i kryminalnych. Więźniowie masowo umierali na skutek głodu, tortur, bicia, chorób (zwłaszcza tyfusu). Wywożono ich do obozów koncentracyjnych i innych więzień. W trakcie funkcjonowania więzienia policyjnego wykonywano również zbiorowe egzekucje m.in. na żołnierzach polskiego podziemia, samorządowcach, duchowieństwie, nauczycielach, czy też komunistach. Szacuje się, że przez Fort przeszło około 50 tysięcy ludzi, z czego śmierć mogło ponieść nawet 12 tysięcy.
Po II wojnie światowej władze polskie przeprowadziły ekshumacje ciał ofiar Fortu III. Pierwsza ekshumacja miała miejsce 10 kwietnia 1945 r. (niektóre źródła podają datę 20 kwietnia). Na teren obozu przyjechały wówczas rodziny z całego Mazowsza. Kilkadziesiąt rozpoznanych zwłok zostało pochowanych na parafialnym cmentarzu w Pomiechowie.
W 1948 r. teren Fortu przejęło Ludowe Wojsko Polskie, w którym zorganizowano skład amunicji. 23 marca 2008 r. Fort III został wpisany do rejestru zabytków. Obecnie trwają prace ekshumacyjne, a po ich zakończeniu i po uporządkowaniu terenu planowane jest stworzenie muzeum.